El Tribunal Supremo ha emitido un pronunciamiento clave sobre las deducciones fiscales por innovación tecnológica en el Impuesto de Sociedades, al estimar tres recursos de casación (sentencias nº 948/2023, 1633/2023 y 1635/2023) y anular las resoluciones previas de la Audiencia Nacional que respaldaban la postura de la Agencia Tributaria.
EL CONFLICTO Y POSTURA DE LA AGENCIA TRIBUTARIA
El conflicto se centraba en la exigencia de un doble filtro para que las empresas pudieran acceder a las deducciones fiscales por innovación tecnológica. Según la normativa, las empresas deben obtener un Informe Motivado Vinculante (IMV) del Ministerio de Ciencia, el cual acredita que un proyecto reúne las condiciones necesarias para ser considerado innovación tecnológica. Este informe, de acuerdo con el artículo 35.4 del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (TRLIS) de 2004, tiene carácter vinculante para la Agencia Tributaria en dos aspectos fundamentales:
- La calificación del proyecto como innovación tecnológica.
- La valoración de los gastos e inversiones realizados para el desarrollo de dicho proyecto.
A pesar de este carácter vinculante, la Agencia Tributaria sostenía que podía revisar e incluso cuestionar el contenido de estos informes, lo que en la práctica limitaba las deducciones fiscales aplicables. Este enfoque dio lugar a múltiples litigios entre la Agencia y las empresas, ya que la interpretación del Ministerio de Ciencia sobre lo que constituía innovación tecnológica resultaba más amplia que la que consideraba aceptable la Administración tributaria.
El Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC), respaldando a la Agencia Tributaria, argumentaba que la calificación de innovación tecnológica realizada por el Ministerio de Ciencia no debía ser determinante en el ámbito fiscal. Sostenía que la Agencia tenía la última palabra en la revisión de las deducciones, basándose en su propio análisis y en informes internos elaborados por sus funcionarios, lo que generaba incertidumbre sobre la competencia del Ministerio de Ciencia frente a la potestad de la Agencia para determinar qué proyectos podían beneficiarse de las deducciones fiscales.
PRONUNCIAMIENTO DEL TRIBUNAL SUPREMO
Finalmente el TS ha intervenido para aclarar esta controversia, y lo ha hecho afirmando:
- “Un dictamen de la Administración que reconoce un derecho -como el de que un proyecto es innovación tecnológica y la inversión efectuada debe poder deducirse en la cuota del impuesto- que es vinculante por la Ley para la Administración emisora -en un sentido amplio y omnicomprensivo-, no puede ser refutado mediante otro informe contrario de la propia Administración.
- Aun cuando tal contradicción, en casos sumamente excepcionales de apreciación arbitraria o ilógica -que en este caso no concurren- pudiera ser aducida por la AEAT mediante prueba, no es aceptable la prueba autocreada en el seno de sus dependencias internas.
- En tales condiciones, esto es, aun cuando se aceptara a efectos dialécticos que es posible tal prueba, no puede revestir la forma de prueba meramente documental ni ser presentada a un Tribunal de justicia entre los documentos que se integran en el expediente administrativo.
- En particular, el informe del EAI no procede de un órgano independiente de la AEAT, ni está a cargo de funcionarios que posean un margen de independencia o autonomía funcional que les haga imparciales en sus conclusiones, máxime cuando contradicen un informe vinculante.
- Dicho EAI no consta, más bien se deduce lo contrario de la resolución que lo crea -de 26 de diciembre de 2005, de la Presidencia de la AEAT-, que posea conocimientos técnicos y científicos necesarios para opinar sobre la calificación de los proyectos como innovación tecnológica, sobre los gastos e inversiones que determinan la base de la deducción y, en suma, sobre el acierto o desacierto de un informe especializado de un Ministerio competente en materia de ciencia al que la ley le atribuye carácter vinculante para la Administración”
Por tanto, el Tribunal Supremo determina claramente que la Agencia Tributaria no puede desvirtuar los informes vinculantes emitidos por el Ministerio de Ciencia ofreciendo, de esta manera, mayor seguridad jurídica para las empresas que invierten en innovación.